MultiQC 是一个基于 Python的模块, 用于整合其它软件的报告结果

参数

-x, --ignore 指定的文件、文件夹不进行统计 --ignore-samples 忽略指定的样本 -l, --file-list 文件每行对应一个文件 -n, --name 更改输出文件的名称 -o, --outdir 指定输出目录 -f, --force 覆盖同名报告 -v, --verbose 当存在两个同名的文件时，增加此参数可以区别两者，避免前者的数据被后者所覆盖 -t, --template 指定报告输出模板，有default|default_dev|geo|sections|simple --pdf 指定输出文件是PDF文件，默认输出是HTML文件，此参数需搭配参数-t simple, 且pandoc模块必须存在，否则无法生成pdf -k, --data-format 解析数据目录，默认格式是：tsv; 此参数主要针对有大量样本需要处理 --data-dir 指定生成数据目录，默认 --no-data-dir 指定不生成数据目录 -z, --zip-data-dir 压缩data directory -m, --modules [module name] 运行指定模块 -e, --exclude [module name] 除指定模块，其他模块均运行

运行

在对应目录下直接运行，也可以对多个文件夹下的结果进行统计

multiqc *.zip

支持整合结果的软件

Pre-alignment tools 

Alignment tools 

Post-alignment tools