科学计算软件编译安装方法说明 --- atat 篇 （提供免费测试QQ 178068275）
官网地址：
http://www.brown.edu/Departments/Engineering/Labs/avdw/atat/
截止目前（2017.5.4）最新版本：
http://www.brown.edu/Departments/Engineering/Labs/avdw/atat/atat3_23.tar.gz
1. 什么是atat？
ATAT is a generic name that refers to a collection of alloy theory tools developped by Axel van de Walle, in collaboration with various research groups and with various sources of financial support. New!
2. atat编译环境
Intel Compiler /GNU Compiler + MPI Compiler
3. 安装 Intel Compiler 编译器，设置编译环境
如果使用的是Intel的CPU，建议使用Intel的编译器。
详细安装方法参见博客相关文章。
例如使用TH-1A的Intel 2013编译器编译lammps，可以加载如下环境变量：
source /opt/intel/composer_xe_2013.0.079/bin/iccvars.sh intel64 source /opt/intel/composer_xe_2013.0.079/bin/ifortvars.sh intel64 source /opt/intel/composer_xe_2013.0.079/mkl/bin/mklvars.sh intel64
4.安装 MPI Compiler，设置编译环境
编译并行版的程序需要并行编译器，例如MPI并行的程序需要MPI编译器，常用的MPI例如Intel MPI 、MPICH 、OPENMPI等。
不同的机器可能针对自身硬件进行MPI优化，天河系统的MPI是基于开源MPICH进行的二次开发优化，进而支持性能卓越的天河自主高速互联网络。
详细安装方法参见博客相关文章。
例如使用TH-1A的Intel 2013编译器编译的mpich，可以加载如下环境变量：
export MPI_HOME=/usr/local/mpi-intel2013 export PATH=$MPI_HOME/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=$MPI_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH
5.编译atat
tar atat3_23.tar.gz cd atat vim makefile #BINDIR=$HOME/bin BINDIR="/path/to/install/atat/bin" # 修改安装目录 #for g++ compiler on all platforms #CXX=g++ CXX=icpc # 修改编译器 #for MPI: limited implementation at this point #MPICXX=mpiCC -DATAT_MPI MPICXX=mpicxx -DATAT_MPI # 修改编译器 make all make install
6.配置~/ezvasp.rc
#!/bin/csh #enter name of vasp executable here set VASPCMD=/path/to/bin/vasp # 设置vasp可执行程序 #enter the directories containing the pseudopotentials here set POTLDA="/path/to/pot_lad" # 设置为实际的路径 set POTGGA="/path/to/pot_gga" set POTPAWLDA="/path/to/paw_lda" set POTPAWGGA="/path/to/potpaw_gga" set POTPAWPBE="/path/to/potpaw_pbe"
备注：
如果是使用例如TH-1A系统，那么VASPCMD命令请修改为实际申请计算资源时候的命令，例如：
set VASPCMD="yhrun -N 2 -n 24 -p debug /path/to/bin/vasp"
7.配置输入文件（举例）
输入文件：
lat.in
3.394820 0.000000 0.000000 0.000000 3.394820 0.000000 0.000000 0.000000 3.394820 0.500000 0.500000 0.500000 0.500000 -0.500000 0.500000 0.500000 0.500000 -0.500000 0.000000 0.000000 0.000000 Al,Ti vasp.wrap [INCAR] PREC = high ISMEAR = -1 SIGMA = 0.1 NSW=41 IBRION = 2 ISIF = 3 KPPRA = 1000 DOSTATIC USEPOT = PAWPBE
8.编写提交脚本（举例）
sub.sh
#!/bin/bash export PATH=/path/to/install/atat/bin:$PATH export rm -rf ~/.machines.rc maps -d & touch ready sleep 5 cd 0 runstruct_vasp cd .. pollmach runstruct_vasp
9.提交脚本
yhbatch -N 2 -n 24 -p debug sub.sh
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